年末調整の更正の請求、5年の期限と還付申請方法

年末調整で控除や減免を漏らし、所得税を多く納めた場合は、更正の請求によって税額を再計算するよう求めることができます。ただし、すべての給与所得者の期限が一律に翌年5月31日となるわけではありません。年末調整によって納税が完了したのか、別途、総合所得税の確定申告を行ったのかによって、5年の起算日が異なることがあります。

更正の請求とは

更正の請求とは、すでに申告または確定した課税標準と税額が正当な金額より多い場合に、納税者が管轄税務署長に減額を求める制度です。年末調整で所得控除・税額控除・減免を申告し忘れ、所得税を多く納めた給与所得者も利用できます。

主な対象は次のとおりです。

• 家賃税額控除に必要な資料を会社へ提出しなかった場合
• 年末調整簡素化サービスで漏れていた医療費を後から確認した場合
• 適格な寄付金領収書を後から入手した場合
• 中小企業就業者所得税減免の申請を忘れた場合
• 扶養家族控除を適用しなかったものの、該当年度の要件を満たしていた場合
• 該当年度に適用される婚姻関連税額控除などの時限的控除を申告し忘れた場合

更正の請求は新たな優遇措置を申請する手続きではなく、該当課税年度にすでに満たしていた要件と支出を証明し、税額を正す手続きです。現在の控除要件を過去の年度にそのまま適用することはできません。

5年の期限の計算方法

国税基本法上、一般的な更正の請求期限は、法定申告期限が過ぎてから5年以内です。ただし、給与所得の年末調整によって納税義務が終了した人については、年末調整税額の納付期限などが基準となることがあります。

年末調整のみを行った場合

給与所得のみで、別途、総合所得税の確定申告を行っていない場合は、一般的に年末調整税額の納付期限を基準として5年を計算します。通常の日程では翌年3月10日が基準となりますが、支払調書の提出や税額の納付状況が一般的なケースと異なる場合は、税務署への確認が必要です。

たとえば、2021年分の給与所得を年末調整のみで完了した場合、一般的な更正の請求期限は2027年3月10日と考えることができます。

総合所得税の確定申告を行った場合

年末調整後、該当年度の所得について総合所得税の確定申告を行った場合は、その申告の法定期限を基準として更正の請求期限を計算します。通常、翌年5月31日が法定申告期限です。

したがって、2021年分を2022年5月に総合所得税として申告した場合、一般的に2027年5月31日まで更正の請求を行うことができます。

休日による期限調整、申告履歴、支払調書の提出有無などにより、実際の期限が異なる場合があります。期限が迫っている場合は、ホームタックスで該当年度の申告履歴を確認するか、管轄税務署に正確な期限を問い合わせるのが安全です。

2020年分は、年末調整を基準とした場合も通常の総合所得税申告を基準とした場合も、2026年に5年の期限を過ぎています。ただし、判決の確定のように申告当時には予測できなかった後発的事由が生じた場合は、通常の更正の請求とは別の特例が適用される可能性があるため、個別の確認が必要です。

3月と5月のどちらに申告すべきか

翌年3月10日は、一般的に会社による年末調整関連税額の納付および支払調書の提出日程と関連する日付です。給与所得者は、会社の支払調書が提出された後、ホームタックスで更正の請求資料を照会できます。

まだ翌年5月の総合所得税確定申告期間中であれば、申告し忘れた控除を反映して給与所得申告を行う方法が一般的です。法定申告期限が過ぎた後は、更正の請求手続きを利用します。

申請前に確認すべき控除と証明書類

家賃税額控除

家賃税額控除では、賃貸借契約と実際の支払履歴を確認できなければなりません。一般的に次の資料を用意します。

• 住民登録謄本
• 賃貸借契約書の写し
• 口座振込履歴、無通帳入金証など、賃貸人に家賃を支払ったことを示す資料

総給与額、住宅の規模または基準時価、無住宅者であるかどうか、住所移転などの具体的な要件と控除率については、課税年度ごとの法令を適用します。単に家賃を支払ったという事実だけで控除が認められるわけではありません。

医療費税額控除

年末調整簡素化資料に表示されていない医療費については、医療機関から領収書の発行を受けて提出できます。しかし、健康保険が適用されない非給付医療費だからといって、すべてが控除されるわけではありません。美容・整形や健康増進を目的とする支出など、法律で除外されている項目があるため、治療目的であるか、控除対象に該当するかを確認する必要があります。

寄付金税額控除

寄付金については、適格団体が発行した領収書が必要です。宗教団体や非営利団体に支払った場合は、その団体が税法上の控除対象団体であるかも確認する必要があります。単なる入金履歴だけでは、寄付金控除が認められないことがあります。

中小企業就業者所得税減免

中小企業就業者減免は、すべての中小企業の給与所得者に自動的に適用される制度ではありません。給与所得者の年齢・経歴などの対象要件、会社の業種、就業日、減免期間をすべて満たす必要があります。会社が中小企業であるという事実だけで、減免が確定するわけではありません。

扶養家族関連の控除

扶養家族の所得金額、年齢、生計要件、およびほかの家族による重複控除の有無を確認する必要があります。同じ扶養家族について2人が同時に控除を受けた場合、かえって追加の税金が発生することがあります。

ホームタックスでの更正の請求手続き

ホームタックスの画面構成やメニュー名は改編されることがありますが、一般的な手続きは次のとおりです。

1. ホームタックスに本人認証でログインします。
2. 税金申告 > 総合所得税申告 > 給与所得申告 > 更正の請求関連メニューへ移動します。
3. 更正の請求を行う帰属年度を選択します。
4. 会社が提出した給与所得支払調書と既存の控除内容を読み込みます。
5. 申告し忘れた所得控除・税額控除・減免項目を入力します。
6. 賃貸借契約書、振込履歴、領収書などの証明書類を添付します。
7. 還付を受ける口座と連絡先を確認してから提出します。
8. ホームタックスの申告・請求履歴で、受付結果と処理状況を確認します。

会社を通さず、給与所得者が直接請求できます。ただし、支払調書が照会できない場合や申告の構成が複雑な場合は、管轄税務署に書面で提出するか、税務専門家による確認を受けることができます。

提出後の処理と地方所得税

税務署は請求内容と証明書類を審査し、税額を減額するかどうかを決定します。国税基本法上、更正の請求を受けた税務署長は、原則として請求日から2か月以内に決定するか、その結果を通知しなければなりませんが、事実関係の確認や資料の補完により、実際の還付時期は異なることがあります。

所得税が減額されると、それに連動する個人地方所得税も変わることがあります。国税の還付結果が地方自治体に連携されるかを確認し、必要であればウィタックスまたは管轄地方自治体で、地方所得税の還付・更正手続きを別途確認する必要があります。

間違いやすい事項

• 5月31日をすべての給与所得者の期限と断定しません。 年末調整のみを行った人には、別の基準日が適用されることがあります。
• 現在の控除要件を過去の年度に適用しません。 更正の請求は、各帰属年度当時の法令を基準として審査されます。
• 非給付医療費をすべて控除対象とはみなしません。 治療目的であるか、法定除外項目に該当するかを確認する必要があります。
• 会社や団体の名称だけを見て、減免・寄付金の要件を判断しません。 法定対象であることを証明する必要があります。
• 還付予想額を確定額と考えません。 既存の決定税額や源泉徴収税額、控除限度額により、実際の還付額は異なります。
• 所得の申告漏れを更正の請求で処理しません。 税金を少なく申告した場合は、修正申告など別の手続きを検討する必要があります。

要点整理

更正の請求は、年末調整で見落とした控除や減免を是正できる制度ですが、請求する権利が無期限に維持されるわけではありません。年末調整のみを行った場合は年末調整税額の納付期限などを、総合所得税の申告まで行った場合はその法定申告期限を基準として、5年を計算する必要があります。

申請前には、帰属年度ごとの申告履歴と適用法令を先に確認する必要があります。その後、控除要件を満たしていたことを示す契約書・領収書・振込履歴などを用意し、ホームタックスで提出するのが正確な手順です。